Au travers de ses équipes pédagogiques (Directeur des études, Responsables des études, …), les CFAI pilotent les interventions des formateurs du monde professionnel. Ils mettent à disposition des apprentis leurs infrastructures, ateliers, ilots de formations (IFTI), ligne de production (LAPESY) et le personnel d’encadrement des jeunes.
Un de leurs rôles essentiels est la mise en oeuvre de l’apprentissage notamment via les actions à destination des maîtres d’apprentissage.
Le partenariat avec l’Université de Bourgogne a permis d’implanter à Auxerre une antenne de l'unité de formation et de recherche de Sciences et Techniques. Depuis 2005, le laboratoire Le2i, labellisé UMR CNRS a installé une équipe de chercheurs sur le site universtaire des plaines de l'Yonne.
Le diplôme d'ingénieur en génie industriel est délivré par l'Université de Bourgogne en s'appuyant sur l'UFR de Sciences et Techniques antenne d'Auxerre (avenue Plaines de l'Yonne, 89000 AUXERRE).
Créé en 1991 et rattaché à l’Université de Bourgogne, l’ISAT - Institut Supérieur de l’Automobile et des Transports- est en France la seule école publique d’ingénieurs spécialisée dans les métiers de l’Automobile et des Transports (49 rue Mademoiselle Bourgeois, 58027 NEVERS ).
Anticipant la révolution du secteur automobile, l'ISAT affiche aujourd’hui fièrement sa maturité avec ses deux départements (EP2E et CC), son laboratoire de recherche (DRIVE) et son laboratoire public-privé (IDMotion).
Le diplôme d'ingénieur IRIT est délivré par l'ISAT.
