L'ITII Bourgogne a développé le principe de la pédagogie de l'alternance afin qu'il y ait confrontation permanente entre les pratiques professionnelles et les connaissances fondamentales.
Dans la formation d'ingénieur les acquis théoriques et pratiques demandent, pour être assimilés, un temps important de travail intellectuel et une continuité dans l'acquisition des méthodes de travail appropriées.
C'est la raison pour laquelle l'ITII Bourgogne a retenu une alternance longue faite de séquences de plusieurs mois à l'institut et en entreprise.
Depuis plus de vingt ans, l’ITII Bourgogne privilégie cette alternance permettant une prise de responsabilités progressive de l’élève ingénieur. Ce type d’alternance permet et facilite une évolution des compétences managériales et un basculement vers l’encadrement de projet dès le milieu de la deuxième année.
Afin d’adapter la formation aux enjeux de développement de l'entreprise, le cursus de formation laisse une large place à la réalisation de projets industriels. Ces derniers doivent répondre aux exigences scientifiques imposées par les partenaires académiques mais également aux besoins d’innovation de l’entreprise.
Ces projets donnent lieu à des rédactions de mémoires et doivent être soutenus devant un jury. Ces étapes sont nécessaires pour obtenir le diplôme.
En troisième année, deux projets principaux sont développés dans le cadre du cursus de la formation :
